- Горно-нефтяной факультет (ГНФ)
- Факультет трубопроводного транспорта (ФТТ)
- Технологический факультет (ТФ)
- Архитектурно-строительный институт (АСИ)
- Институт нефтегазового бизнеса (ИНБ)
- Институт цифровых систем, автоматизации и энергетики (IT-институт), ранее Факультет автоматизации производственных процессов (ФАПП)
- Институт нефтегазового инжиниринга и цифровых технологий (ИНИЦТ)
- Институт экосистем бизнеса и креативных индустрий (ИЭС)
- Высшая школа информационных и социальных технологий (ВыШкаИнСоТех)
- Уфимская высшая школа экономики и управления (УВШЭУ)
- Факультет заочного обучения (ФЗО)
- Филиал УГНТУ в г.Стерлитамак (СТФЛ)
- Филиал УГНТУ в г.Салават (СЛФЛ)
- Филиал УГНТУ в г.Октябрьский (ОКТФЛ)